me parece que lo que pasara sera que, al acabar las guerras clones, no habran ya muchos jedis, algun acontencimiento de magnitudes galacticas sucede y la gente pierde la fe en la fuerza, en cosecuencia palpatine disuelve el consejo jedi, y los declara enemigos publicos, vuelan el templo con padawans adentro, y los demas son cazados en los proximos 20 años.
al ser declarados enemigos publicos yoda y los demas corren peligro en coruscant, o algun planeta civilizado asi que huyen.

Ese "acontencimiento de magnitudes galácticas" es la Guerra en sí, no esperes otra cosa... además, es cierto que Palpatine irá a por los Jedi en cuanto concluya la Guerra.

Es cierto que Palpetine buscara a los Jedis luego de Ep III, pero no se preguntaron ¿¿¿porque no hizo una orden Sith???

Pero si sí la hizo. Son él y Darth Vader. Imposible que haya más.

Pero yo me pregunto. ¿Por que Vader no va en busca de Yoda y Obi-Wan entre los episodios 3 y 4? ¿Acaso a Palpatine le da igual que hayan sobrevivido? Teniendo en cuenta que con eso de que tiene previsto todos los acontecimientos futuros, es un poco torpe por su parte dejarlos marchar.

A Obi Wan lo dan por muerto, y a Yoda, aunque suponen que está vivo, no pueden encontrarlo en Dagobah gracias a la influencia del LO que allí se manifiesta.