La peli comienza con una nave pulpo atrapando una barcaza de Jabba en Tatooine. Obi wan y Anakin se encuentran combatiendo en el planeta Christophsis cuando desde Coruscant el maestro Yoda envía a Ashoka Tano a ellos con un mensaje de que vuelvan al templo jedi lo más rapidamente posible. Creen que la padawan será para Obi Wan al haber acabado el adiestramiento de Anakin pero no es así: es para Anakin. Ashoka trae un mensaje importante: el hijo de Jabba el Hutt ha sido secuestrado y se encuentra retenido en el planeta Teth por los separatistas. Anakin y Ahsoka luchan en Christhopshis juntos con obi wan y Rex con la 501 y vencen al general de la confederación Loathsom haciéndole creer que había capturado a obi wan. Cuando acaba la batalla de Christhopsis, se enteran de que Yoda acaba de llegar y les pone al corriente del secuestro del hijo de Jabba y que deben volver a Coruscant de inmediato.Después envía a Anakin y Ashoka a Teth para rescatar al hijo de Jabba y a Obi Wan a Tatooine a negociar con Jabba el rescate y para que se una a la República en la guerra. En Tatooine Obi Wan llega al palacio de Jabba y negocia con él la captura de los secuestradores de su hijo, el apoyo a la republica y la recuperación de su hijo, todo con el droide de protocolo TC-70. En Teth Anakin y Ashoka asedian durante la batalla el monasterio B´Omarr donde esta el hijo de Jabba,Rotta, por una pendiente en la que suben con AT-TE y consiguen penetrar en el monasterio B´Omarr en la batalla y un droide de protocolo servidor los conduce a las mazmorras a lo que saben que es una trampa. Allí encuentran a Rotta en mal estado pero aun vivo y lo recogen en una mochila Republicana. Assaj Ventress informa a su maestro de que todo sale según lo previsto.Mientras en Tatooine Jabba recibe a un nuevo visitante, el Conde Dooku que le enseña a Jabba un holograma de dos jedi con su ``pequeño amor ´´(grabación tomada en la trampa en la que se metieron Anakin y Ahsoka)y que da la impresión de que son sus secuestradores .Le pide que se una a él para salvar a su hijo(recordar que Jabba desconocía quien había raptado a su hijo).Anakin contacta con Obi Wan y su maestro le manda ir a Tatooine a devolver al hijo de Jabba antes de que muera. Intentando escapar del monasterio B´Omarr de Teth por todos los medios posibles, Anakin siente la presencia en la fuerza de Assaj Ventress que aparece y se enfrenta a ellos. Mientras Anakin y Ashoka intentan escapar del templo-fortaleza pero no lo consiguen y Assaj Ventress los alcanza. Caen por una trampilla parecida a la del palacio de Jabba en Tatooine abierta por R2 y comienza el primer duelo. Anakin combate con Ventress que combina sus dos sables laser para hacer uno de dos hojas(como el de darth maul). Ahsoka tiene la mochila con Rotta y de repente aparece en el duelo un rancor. Después de un duro combate en el que aparecieron también droides, Ventress mata al rancor y Rotta vomita de forma cómica. Mientras Ventress se entretenía con el rencor, Anakin Ahsoka con Rotta y R2 escapan a una plataforma de aterrizaje hacia una cañonera y se enfrentan con unos cazas buitre( que vemos esta nave pelear por primera vez en tierra, solo lo habíamos visto de forma terrestre en EP.1). Obi Wan llega a la órbita de Teth con un destructor estelar y con Rex y atacan el monasterio-castillo. Ventress informa a su maestro Dooku de lo ocurrido hasta el momento y Obi Wan aterriza en el monasterio y comienza el segundo duelo con Ventress. Anakin y Ahsoka con R2 intentan escapar de la batalla terrestre y espacial en la nave Twilight y los ataca la República por confusión creyendo que son enemigos por la nave(o algo así, bueno una gran movida). Obi Wan y Ventress siguen en su duelo y Ventress aprovecha que pasa una nave buitre para saltar encima de él y escapar. El twilight con Anakin y Ahsoka salta al hiperespacio hacia Tatooine y le dan cuidados a Rotta en el viaje que empieza a sentirse mejor. Ventress contacta con Dooku que está en el palacio de Jabba y finge junto con Dooku que su hijo ha muerto y que los dos jedi se dirigen a Tatooine. Jabba entra en cólera y Dooku se prepara para recibirlos. Ya en la órbita de Tatooine , Anakin y Ahsoka se encuentran con naves-magnoguardia que los atacan y derriban en las dunas de Tatooine con lo que deben seguir el trayecto al palacio de Jabba a pie.
En Coruscant el canciller Palpatine se encuentra hablando con Yoda y el holograma de Obi Wan de lo grave que puede ser esto para la República cuando entra en la sala Padmé Amidala y dice que puede intentar convencer al clan hutt y hablar con el tio de Jabba, Ziro, que se encuentra en Coruscant.
Padmé llega a donde se encuentra Ziro en Coruscant para persuadirlo de que se una a la República y no crea en nada de la confederación y sus engaños pero lo sorprende hablando con el mismo Dooku por holograma. Los guardias capturan a Padmé y la encierran por orden de Ziro.
Mientras Anakin y Ahsoka continuan atravesando el mar de dunas de Tatooine cuando sienten una amenaza oscura que se cierne sobre ellos. Deciden separarse Ahsoka llevando a Rotta ya R2 y Anakin la mochila vacía.
Padmé encarcelada envía un mensaje por comlink a C3P0.
Anakin se encuentra con Dooku que llega a él en su moto speeder personal y le ataca con rayos de la fuerza y comienza el último duelo.En el duelo Dooku le muestra a Anakin una imagen de su padawan en peligro con los magnoguardias y Anakin en vez de seguir combatiendo o ponerse furioso, roba la moto speeder de Dooku y escapa.
En la residencia de Ziro, Padmé se encuentra con Ziro cuando se dispone a acabar con ella cuando surge un pelotón de clones con Rex reventando las paredes y la rescatan tomando a su vez a Ziro como prisionero.
En Tatooine en el palacio de Jabba ,Anakin observa que Ahsoka no ha llegado todavía como había visto en las imágenes de Dooku y llega hasta Jabba que lo toma con sus guardias y se pelean. Ahsoka llega con Rotta y se lo entrega a Jabba pero éste los quiere matar de todos modos. Es cuando recibe una llamada holográfica en la que Ziro está prisionero y le cuenta toda la verdad, junto con su alianza con Dooku. Jabba está furioso y Padmé negocia con él una alianza con la República.
En otra parte Dooku escapa en su nave de Tatooine y contacta con su maestro Sidious por holograma.
Mientras Obi Wan llega a Tatooine con un destructor y preparado para más aventuras junto a Anakin y Ahsoka.